Pilihanraya Umum pada tahun 1990 telah memberikan kejutan yang besar kepada politik negara ini apabila PAS dan rakan sekutu politiknya telah berjaya menguasai semula Kelantan setelah tewas pada tahun 1978. Gelombang politik agak panas semenjak 1987 telah menyebabkan UMNO sebagai parti teras orang Melayu telah berpecah dua apabila Tengku Razaleigh Hamzah menubuhkan Parti Semangat 46. PAS telah bergabung dengan Semangat 46 dan dua buah parti lain iaitu HAMIM dan Berjasa. Permuafakatan politik ini dikenali sebagai Angkatan Perpaduan Ummah (APU) telah berjaya memenangi negeri Kelantan dengan menyapu bersih semua kerusi Dewan Undangan Negeri dan Kerusi Parlimen dalam Pilihan Raya Umum tahun 1990. PAS yang telah memenangi kerusi terbanyak telah meletakkan Tuan Guru Haji Nik Aziz Nik Mat, Ketua Dewan Ulamak PAS Pusat yang juga Pesuruhjaya PAS Kelantan sebagai Menteri Besar Kelantan.
Tuan Guru dengan pemikiran strategik, keilmuan, tarikan personaliti dan seorang tokoh pendidikan telah merancakkan perkembangan pendidikan Islam di Kelantan dan negeri itu cuba dipopularkan kembali dengan gelaran “Serambi Mekah”. Dalam erti kata lain membangunkan Kelantan dalam kerangka “Membangun Bersama Islam” dan acuannya ialah “al-fahmu”. Dato’ Haji Nik Abdul Aziz seorang tokoh yang sangat memberikan perhatian yang besar dalam memperkasakan pengajian Islam samada formal atau tidak formal.
Beliau akan sentiasa bercakap tentang keperluan pendidikan Islam untuk membentuk masyarakat yang memahami Islam. Dalam perkembangan belanjawan negeri Kelantan, belanja pengurusan sekolah YIK sentiasa diberikan keutamaan. Beliau sebagai MB juga sentiasa hilir mudik ke seluruh negara untuk menyampaikan ilmu Islam termasuk program mingguan di Dataran Ilmu Kota Bharu yang menjangkau ribuan pendengar bersimpuh menadah kitab pada setiap hari jumaat.
Kelantan dengan pantas memacu perubahan, bukan sahaja Bandar Kota Bharu bertambah maju dan membangun tetapi juga Kelantan menjadi hub ilmu agama di negara ini. Masyarakat luar Kelantan berlumba-lumba menghantar anak mereka belajar di Kelantan dengan pelbagai tawaran, samada sekolah pondok, maahad tahfiz, sekolah Islam swasta, sekolah agama rakyat, institusi pengajian Tinggi Islam, kolej PERKIM dan sebagainya.
Sebagai langkah meningkatkan mutu sekolah agama, kerajaan PAS telah memberikan peruntukan besar kepada Yayasan Islam Kelantan (YIK), berbanding dengan agensi-agensi kerajaan yang lain. Peruntukan ini ditambah dari setahun ke setahun. Apabila Tuan Guru Nik Aziz menjadi Menteri Besar Kelantan, perhatian kepada sekolah-sekolah agama diberi fokus. Kerajaan Kelantan memberikan perhatian istimewa kepada pendidikan Islam yang digerakkan oleh sekolah agama rakyat, pondok, sekolah tahfiz, termasuk pendidikan prasekolah seperti PASTI.
Sehingga tahun 2015 ini iaitu sepanjang 25 tahun pemerintahan PAS di Kelantan, Kerajaan Kelantan telah menyediakan peruntukan sebanyak RM80 juta kepada YIK dengan tujuan untuk membuka lebih banyak peluang pendidikan Islam seperti menambah tenaga pengajar, mengupayakan tenaga pengajar dan membuka kelas-kelas baru di seluruh Kelantan. Pertambahan bantuan ini berlaku setiap tahun selaras dengan aspirasi kerajaan negeri untuk melahirkan insan yang berilmu dan menjunjung tinggi nilai agama.
Sehingga tahun 2015, Kelantan mempunyai lebih daripada 40 buah sekolah tahfiz akibat rangsangan dan pemupukan yang berterusan daripada kerajaan negeri. Sehingga kini angka itu terus meningkat terutama kejayaan Maahad Tahfiz Sains yang melaksanakan panduan kurikulum peperiksaan awam negara dan juga diniah. Antara sekolah tahfiz yang telah beroperasi ialah Maahad Tahfiz Darul Quran Wal Qiraat di Repek, Pasir Mas, Maahad Tahfiz di Kampung Slow, Machang, Pasir Mas, Al-Imam International Institute di Kubang Kerian, Kota Bharu, Maahad Tahfiz Ummu Qurra di Kampung Kolam Kota Bharu, Maahad Tahfiz Sains dan banyak lagi yang didirikan di setiap daerah di Kelantan. Maahad Tahfiz Pulai Chondong merupakan sekolah tahfiz paling cemerlang, bukan sahaja dalam peperiksaan awam tetapi juga kerana menjadi model untuk kurikulum bagi sekolah-sekolah tahfiz di Brunei, Johor, Selangor, Terengganu dan Pahang.
Kerajaan PAS Kelantan juga berusaha untuk menambahkan jumlah pelajar tahfiz dengan tujuan untuk meningkatkan kualiti imam-imam di seluruh Kelantan dan juga untuk meletakkan identiti Kelantan sebagai negeri “tadahan wahyu” yang berusaha untuk melaksanakan al-Quran.
Kerajaan negeri Kelantan di bawah PAS juga telah memberi fokus kepada penubuhan dan perkembangan sekolah pondok sebagai sebahagian program pemerkasaan pengajian Islam di negeri itu. Apatah lagi dengan keberadaan institusi pendidikan ini dalam masyarakat akan memperkuatkan lagi pengaruh parti itu dalam masyarakat. “Di mana pondok, maka di situ ada PAS” adalah ungkapan yang sering berdenggung dan berlegar di kalangan masyarakat Melayu negara ini.